Základom zdravého interiéru je použitie prírodných materiálov bez pridanej chémie. Sú to napr. drevo, hlina, slama alebo rôzne nátery a oleje na prírodnej báze. Ak použijeme iné materiály, tak len preto, že trvácnosť budovy musí byť zaručená. Dom vám predsa musí vydržať do konca života.

Z nábytku v dome, textílii, ktoré nosíme alebo z časopisov a kníh na policiach sa uvoľňuje množstvo prchavých látok. Okrem toho netreba zabudnúť, že aj my produkujeme pri vydýchnutí oxid uhličitý a iné... Preto je riadené vetranie s rekuperáciou vhodným riešením. Neustály prísun čerstvého vzduchu zaručuje nízku koncentráciu škodlivých látok v priestore.

Akákoľvek naša snaha použiť prirodné materiály je na škodu, ak stavba nevydrží dlho. Preto sa netreba obávať a na správnych miestach použiť aj iný materiál. Na druhej strane majú prírodné materiály veľmi dlhú životnosť, pokiaľ sa používajú správne - napr. dubový obklad bez povrchovej úpravy. Kvalitné materiály, vzduchotesnosť a dobre riešené detaily nám robia dlhodobú radosť.

Stavebná činnosť, predovšetkým výroba či doprava materiálov je veľmi náročna na nepriame energie. Použiť materiály, ktoré majú v sebe zabudovanej menej šedej energie, má priaznivý vplyv aj na CO2 emisie. Pri celkovej bilancii je však materiál o niečo menej podstatný, ako potreba dosiahnuť energeticky nízku prevádzku v dome.  Z tohto hľadiska je lepšie mať pasívny dom z klasických materiálov, ako klasický dom z prírodných materiálov.

Predovšetkým hlina, ale aj ovčia vlna alebo drevo vedia regulovať vlhkostné pomery v interiéri. Keď relatívna vlhkosť vzduchu stúpne nad 50%, hlina tento prebytok dokáže absorbovať a naspäť odovzdať okoliu, ak vlhkosť opäť klesne pod 50%. Tak dosiahneme prirodzený mechanizmus regulácie vlhkosti. Využitie tohoto materiálu v pasívnom dome nám čiastočne pomôže kompenzovať úbytok vlhkosti počas zimných mesiacov.